“Harus belajar pada kiai yang memiliki gurunya yang jelas, sumber ilmunya dari mana. Semuanya harus jelas agar terhindar dari aliran dan perilaku yang menyimpang,” tegasnya.
Cholil Nafis juga mendorong para orang tua untuk mendidik anak-anak mereka di pondok pesantren yang dipimpin oleh kiai dengan sanad ilmu yang jelas. Menurutnya, pondok pesantren yang dipimpin oleh ulama yang memiliki sanad ilmu yang jelas telah memberikan banyak kontribusi dalam mencetak ulama dan santri yang menjadi benteng bagi Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI).