Pada tahun 1945 setelah terjadi pergantian kekuasaan ke Indonesia, penjara ini digunakan untuk menahan Gerombolan Badan Perjuangan 3 Daerah yang terdiri dari Kutil, Sakirman, K. Mijaya, Tan Jim Kwan, Muhammad Nuh, Kertohargo, Supangat dan Rustamadji.Penahanan tersebut dilakukan oleh TKR selama beberaa minggu sebelum akhirnya dipindahkan ke Penjara Wirogunan Yogyakarta.
Setalah Agresi Militer Belanda di Pekalongan, tepatnya tahun 1950 pada saat penyerahan kedaulatan ke Republik Indonesia, Kutil juga ikut diserahkan kepada Kepolisian Republik Indonesia. Dia dikirim ke Semarang lalu dibawa ke Penjara Tua Pekalongan kembali.
Bulan Mei 1951 Kutil dieksekusi mati oleh Komandan Militer Kota, Sudharmo Djajadiwangsa, yang menjadi Kepala Staf Resimen XVII TKR di Pekalongan, yang mana beliau juga ikut berperanpenting dalam operasi penangkapan Kutil.
Baca Juga:Bikin Merinding! Kisah Misteri Benteng Vastenburg, Salah Satu Tempat Favorit untuk Event Kuliner di SoloSiap-siap, Seleksi CPNS 2023 Dimulai Bulan September! Berikut Ini Mitos dan Fakta Seputar PNS
Eksekusi hukuman dengan ditembak mati ini juga merupakan hukuman mati yang pertama kali dilakukan oleh hukum di Indonesia pasca kemerdekaan.
Kondisi Terkini Penjara Tua Pekalongan
Bangunan bergaya Belanda yang ada di Pekalongan itu kaya akan sejarah. Dikarenakan sudah termakan usia, kondisi bangunan tersebut kini diselimuti kesan mistis. Bangunan tersebut kini hanyamemiliki tersisa 10 persen dari total 7,2 hektare, namun masih difungsikan sebagai kantor pelayanan.
Menurut Anang Saefullah, salah seorang pegawai Lapas Pekalongan, di tempat kerjanya tersebut sering terjadi hal-hal mistis dan horor. Apalagi jika malam hari dan terasa sepi, dia sering merasa kalau bulu kuduknya tiba-tiba berdiri.
Suasana sepi memang membuat merinding, apalagi bagi yang pernah mendengar cerita-cerita mistis entah dari mana awal mulanya. Menurut Anang, beberapa orang juga pernah melihat penampakan noni Belanda.
Sekarang ruang tahanan yang masih tersisa hanya 27,5 perssen yang masih bisa difungsikan, serta dapat menampung 220 orang dari semula 800 orang tahanan. Bangunan kokoh tersebut tersebut rusan dikikis air rob yang membuatnya semakin memperlihatkan kesan angker.
Hingga kini bangunan tersebut masih difungsikan sebagai tempat tahanan. Penyiksaan tahanan sering terjadi pada masa penjajahan. Bahkan sempat dikabarkan juga sebagai tempat eksekusi warga yang dituduh sebagai anggota PKI.